Met het ontginnen van de polders begonnen ook de problemen met de waterhuishouding. De afwatering voor de ontginningen ging grotendeels via de Linschoten naar de Hollandse IJssel en de Oude Rijn. Omdat dit gebied op een kleirug lag vermoed men hier al vroeg bewoning. Normaal werden tijdens ontginningen vergunningen uitgegeven aan kolonisten, in deze omgeving ging de ontginning van het gebied waarschijnlijk in samenspraak met de lokale bevolking. Om de waterafvoer te regelen werden sloten en vlieten gegraven die het water naar de Linschoten afvoerden. Omdat het land verder inklonk en dieper kwam te liggen werden er later ook enkele watermolens in  deze omgeving gebouwd om de hoogteverschillen te overbruggen, waaronder de Rapijner molen en de Engher molen. De gerechten gingen samenwerken. Die samenwerking bestond waarschijnlijk al in de tweede helft van de twaalfde eeuw. Uit deze samenwerking ontstond uiteindelijk het Grootwaterschap Woerden. Op 11 mei 1322 werd door Graaf Willem III een akte uitgegeven die wordt beschouwd als de oprichtingsakte van het Gootwaterschap van Woerden. De waterhuishouding werd steeds ingewikkelder, mede omdat het de lokale overheden oversteeg. Tussen het Graafschap Holland en het Bisdom Utrecht boterde het vaak niet zo erg terwijl ze wel op elkaar aangewezen waren wat betreft water afvoer uit de polders. Om de samenwerking te vergemakkelen kregen de gebroeders Vingboons in 1670 opdracht tot het maken van een kaart van het gebied van het Grootwaterschap Woerden. De Vingbooms leverden uiteindelijk een prachtig stuk werk af.

Bij Linschoten vallen een paar dingen op. Waar de boerderij van de familie Breedijk heeft gestaan staan nog twee andere boerderijen getekend. Het grote aantal eendenkooien in deze omgeving. En de Escampen aan de Engherdijk, een boomgaard of essen boomkwekerij?